Η πρώτη δουλειά του πελαργού που θα φτάσει στον τόπο όπου θα κλωσήσει, είναι να φροντίσει να εγκατασταθεί σε μια παλιά φωλιά, κατά προτίμηση τη δική του. Αυτή έχει διάμετρο 70-80 εκ. και βρίσκεται χτισμένη πάνω σε κολώνες, στις στέγες και στις καμινάδες των σπιτιών, σε εκκλησίες και καμπαναριά, σε μεγάλα δέντρα, σε ερείπια, σιλό και γενικά σε σημεία που να έχουν ελεύθερο χώρο γύρω για να ελέγχει για πιθανούς θηρευτές.
Τη βάση της φωλιάς αποτελούν χοντρά κλαδιά, ως 4 εκ. πάχος, που σκεπάζονται με λεπτότερα, με σβώλους χώμα, χόρτα, κουρέλια, κτλ. Σε οκτώ ημέρες ένα ζευγάρι πελαργών μπορεί να τελειώσει το χτίσιμο μιας καινούργιας φωλιάς. Το αρσενικό φέρνει το υλικό και το θηλυκό το τακτοποιεί.
Η φωλιά απαιτεί αδιάκοπη συντήρηση. Εκτός από τις βλάβες που παθαίνει από τη βροχή, το χιόνι και τον αέρα το χειμώνα, πάντα παθαίνει φθορές από το βάρος και την πίεση του σώματος των πουλιών, ιδίως όταν φεύγουν από την φωλιά, και από το συχνό ανακάτεμα, που κάνουν με το ράμφος τους στο υλικό του δαπέδου για να το αερίσουν, όταν γυρίζουν τα αυγά τους. Η φωλιά κάθε φορά που επισκευάζεται, γίνεται όλο και μεγαλύτερη. Τελικά μπορεί να φτάσει να έχει διάμετρο 1,5 μέτρο, ύψος δύο μέτρα και να ζυγίζει πάνω από 40 κιλά.
Στα εξωτερικά εξάλλου κοιλώματα που βρίσκονται στα τοιχώματα της φωλιάς, εγκαθίστανται και βρίσκουν ασφάλεια λευκοσουσουράδες, σπουργίτια, ψαρόνια που οι πελαργοί ανέχονται την συγκατοίκηση μαζί τους μιας και καθαρίζουν την φωλιά του από διάφορα ενοχλητικά παράσιτα. Όταν υπάρχουν λίγες φωλιές και πολλοί πελαργοί που τις διεκδικούν, τα τσακώματα είναι συχνά και πολλές φορές οι μάχες τελειώνουν με το θάνατο του ενός αντίπαλου.
Οι πρώτοι πελαργοί που θα φτάσουν σ' έναν τόπο και θα εγκατασταθούν στις φωλιές που υπάρχουν, είναι συνήθως αρσενικοί. Τα θηλυκά φτάνουν, κατά κανόνα, αργότερα και το ζευγάρωμα γίνεται στη φωλιά, όπου συχνά συναντιούνται οι σύντροφοι του περασμένου χρόνου, αν φυσικά επέζησαν και οι δυο. Αλλιώς ο αρσενικός πελαργός ζητάει να τραβήξει στη φωλιά του μια νέα σύντροφο. Εγκατάσταση στη φωλιά είναι δείγμα ότι το πουλί είναι ώριμο πια. Στα βόρεια μέρη η ωριμότητα αρχίζει στο πέμπτο έτος της ηλικίας, στα νοτιότερα νωρίτερα, πολλές φορές και στο δεύτερο χρόνο.
Όσοι αρσενικοί πελαργοί φτάνουν αργότερα στις περιοχές που φωλιάζουν, αρχίζουν καβγάδες και μάχες, πολλές φορές αιματηρές, με κείνους που έχουν ήδη εγκατασταθεί στην περιοχή. Οι πελαργοί που φτάνουν αργότερα, συνήθως είναι εκείνοι που για πρώτη φορά αισθάνονται ώριμοι και συχνά μένουν χωρίς σύντροφο. Είναι χαρακτηριστικό ότι μια κατοικημένη φωλιά προσελκύει τους πελαργούς που φτάνουν αργότερα ή άλλους που περνούν από κοντά, έστω και αν υπάρχουν άλλες φωλιές ακατοίκητες. Σκληρές μάχες γίνονται συχνά και με τους πελαργούς από τις γειτονικές φωλιές ή όταν κάποιος από αυτούς, κατά λάθος, προσγειωθεί σε ξένη φωλιά. Στις μάχες που γίνονται παίρνουν μέρος και τα θηλυκά. Σ' αυτές υπερισχύουν πάντοτε όχι τα δυνατότερα, αλλά τα πιο ανθεκτικά πουλιά.
Μερικές φορές ο πελαργός, ενώ έχει εγκατασταθεί σε μία φωλιά, ύστερα από λίγες μέρες εξαφανίζεται. Αυτό εξηγείται αν δεχτούμε ότι ναι μεν τον ελκύει η νέα φωλιά, αλλά υπερισχύει η ροπή να μείνει πιστός στη δική του φωλιά και γι' αυτό πάει τελικά στη δική του. Σπάνια όμως μια φωλιά κατοικείται πολλά χρόνια συνέχεια από τα ίδια πουλιά. Συνήθως αλλάζουν φωλιά χωρίς να το αντιλαμβανόμαστε.
Οι πελαργοί που δεν είναι ακόμα ώριμοι, δεν δείχνουν μεγάλη επιθυμία να γυρίσουν στον τόπο που γεννήθηκαν, άλλα γυρνούν εδώ και κει, κι αν κάποτε εγκατασταθούν σε μια φωλιά διώχνονται εύκολα από τούς πιο ώριμους. Τότε πολλές φορές παραμένουν στη «γειτονιά» ή χτίζουν μια καινούργια ψευτοφωλιά.
